为什么没有纯种藏獒？
我来回答这个问题，纯属个人看法，有不对之处请批评指正！ 首先我们来了解一下“纯”这个词的意思——指人的品质或物的本性纯正不变。百度中文词典 那么我们再来看看“纯种”这个词的意思——“血统不混杂的”。中国大百科全书（第一版） 关于这两个词的解释，我认为是相互关联而又有所区别的。所谓“纯种”，从动物遗传学角度来说，是指某物种某一品种个体之间的基因型完全相同或者接近。而“纯”则侧重表达某个物种某一品种个体的所表现出的特定性状在一定程度上的稳定。
“纯种”是一个带有明显自然科学色彩的术语，而“纯”则更偏向于人文社会属性。 但两者之间是有一定关联性的。如一只雌雄个体间相互交配繁殖，后代遗传基因类型相同，表现为同样性状，这就是纯种；再如一窝小猫中两只蓝眼睛的小猫互相交配繁殖，产生的后代全为蓝眼，这也是纯种。但后者这一窝小猫自交产生的后代不一定就能保持所有的性状都不发生可遗传变异，因为环境因素（如营养不良等）会影响动物的繁殖能力、受精率、卵母细胞质量等，从而导致基因型的改变，进而影响表型（性状）的表现。所以，我们常说的一只老鼠“一鼠多性”就是由于环境因素影响而导致该生物体不能保持所有性状的纯合状态。从这个意义上说，所谓的纯种其实就是一种理想化的状态下各个基因型纯合的动物。
回到本题所述问题，题主的意思是指出现在世界各地所饲养的“纯种”古牧（古代牧羊犬）并非纯合的动物。我的理解是这些被称之为纯种的古牧其实只是携带了某些基因型的犬，而不是基因型的纯合动物。至于为什么会出现这种情况，我想大概是由于近亲繁殖或者纯血繁育造成的。
当然，我这里所说的基因型只是一种理论上可能的状态，实际上由于自然选择以及人工培育的结果，真正的纯合状态不可能长期维持，甚至是不可能存在的。